Identificación de nuevos genes humanos expresados en placenta mediante la técnica de representación diferencial de RNA mensajeros (D RT-PCR)

Abstract

En esta Tesis, la técnica de Representación Diferencial de RNA menajeros o Differential Display RT-PCR (DD RT-PCR) se llevó a cabo para identificar genes específicamente expresados entre líneas celulares derivadas de cariocarinomas humanas (JEG-3, JAR and BeWo) y células de placenta normal a término. Pocas diferencias fueron detectadas entre los perfiles de expresión de las tres líneas de coriocarcinomas y la mayor parte de los genes expresados diferencialmente, fueron detectados en placenta normal a término. Un total de 36 fragmentos de cDNA fueron aislados y analizados mediante comparación con las bases de datos de secuencias disponibles. De estos fragmentos, 19 secuencias correspondieron a regiones en el genoma humano que codifican para genes potencialmente nuevos. La expresión diferencial de 3 nuevos genes humanos seleccionados, en las regiones cromosómicas 16q12,9q32 y 6q22, fue confirmada mediante RT-PCR. Las otras 17 secuencias mostraron una alta similitud con genes humanos ya identificados (como PSG3, FN1, PAI-2). Interesantes, las funciones de cinco genes y sus productos (genes IK, TRA-1, HERPUD1, UBA2 y TRAP240) no han sido caracterizados en tejidos placentario. Además, nuevas isoformas de RNAs mensajeros cortados y empalmados de manera alternativa fueron detectados para los genes IK, TRAP240 y PLAC3. La expresión diferencial del gen PAI-2, un inhibidor de proteasas de serina, entre las líneas de cariocarcinoma fue también confirmada. Un mayor análisis experimental de uno de los posibles genes nuevos, permitió la identificación de un nuevo cDNA en la cadena antisentido en la región cormosómica 9q32. Reacciones de 5' y 3' RACE se llevaron a cabo y una secuencia parcial de 1.2 kb se estableció para este nuevo RNA mensajero. Este nuevo gene no contiene intrones en su secuencia. La secuencia de la proteína (103 aminoácidos) generada a partir del marco de lectura abierto no mostró similitud con ninguna pr