Estudio de la distribución clonal de aislados clínicos de mycobacterium tuberculosis complex mediante técnicas genotípicas en el área de influencia del consorcio hospital general universitario de valencia

Resumen

La tuberculosis sigue siendo un importante problema sanitario y de salud pública a escala mundial. Por esta razón se han establecido estrategias que contribuyen a mejorar los procesos de control y vigilancia de esta enfermedad, basadas en el estudio epidemiológico molecular del complejo Mycobacterium tuberculosis. En las últimas dos décadas han surgido múltiples técnicas de genotipificación aplicadas a este microorganismo, permitiendo discriminar el origen clonal de los aislados clínicos en distintos contextos. El objetivo principal de este estudio es la caracterización molecular de 154 aislados clínicos del complejo Mycobacterium tuberculosis en el Departamento de Salud Valencia - Hospital General durante los años 2009 a 2015. Para ello se empleó la técnica MIRU-VNTR de 24 loci, permitiendo la identificación de cepas agrupadas en complejos clonales que podrían estar relacionados con cadenas de transmisión. Además, se estudiaron las variables demográficas y clínicas de los casos en función de si las cepas se agruparon o no en complejos clonales. También se comparó el poder discriminatorio obtenido con esta técnica respecto a la de 15 loci (n = 154, más un control positivo) y a la genotipificación mediante secuenciación de genoma completo (n = 55, de las 155), así como la asignación de linajes y sub-linajes mediante estas técnicas. Por otro lado, en los casos en que se detectó resistencia fenotípica a alguno de los fármacos antituberculosos de primera línea, se realizó un estudio genotípico para identificar las mutaciones causantes de dicha resistencia. La distribución poblacional de las cepas estudiadas del complejo Mycobacterium tuberculosis mediante MIRU-VNTR de 24 loci se mostró agrupada en un 50,3% (n = 78) empleando como umbral una diferencia máxima entre cepas de dos loci, las cuales se encontraban distribuidas en veintidós complejos clonales con un mínimo de dos cepas y un máximo de doce. El porcentaje de cepas agrupadas se redujo al 40,0% al utilizar el umbral de como máximo un locus y al 30,3% cuando presentaron el mismo mirutipo. El patrón mayoritario de los casos en función de la agrupación o no de las cepas con el umbral de como máximo 2 loci fue similar en ambos grupos: varón de entre 30 - 44 años de origen español, VIH negativo y diagnosticado de tuberculosis pulmonar. Sin embargo, sí se encontraron diferencias estadísticamente significativas en el origen de los pacientes, la forma de presentación de la enfermedad y el linaje de las cepas. Al comparar la técnica MIRU-VNTR de 24 loci respecto a la de 15 loci, estratificando por el umbral establecido, el poder discriminatorio siempre fue superior con la primera. El mejor poder discriminatorio lo obtuvo la técnica con 24 loci tomando como umbral el mismo mirutipo (HGDI = 0,9970). En cuanto a la comparación con la secuenciación de genoma completo, a pesar de que esta última presenta un poder de resolución muy superior al de la técnica MIRU-VNTR, el poder discriminatorio obtenido con la técnica MIRU-VNTR de 24 loci con el umbral de idéntico mirutipo fue de 0,9933, superior al de la secuenciación (HGDI = 0,9838). Por lo que respecta a la asignación de linajes/sub-linajes, la concordancia del tipado mediante MIRU-VNTR 24-loci respecto al tipado de SNP fue del 94,1% (143/152). Las cepas estudiadas pertenecen fundamentalmente a tres linajes: el linaje 4.1.2 o Haarlem (35,7%), el linaje 4.3 o LAM (25,3%) y el linaje 4.10 o PGG3 (20,1%). Mediante el método fenotípico se detectaron un 6,45% de cepas resistentes a isoniazida, un 3,23% a estreptomicina y un 0,65% a pirazinamida. El porcentaje de cepas con polirresistencia fue del 1,94% y no se detectaron cepas MDR con esta metodología. Sin embargo, en el subgrupo de 55 cepas estudiadas mediante secuenciación sí se detectó una cepa MDR y dos con monorresistencia a rifampicina. También se detectó adicionalmente una cepa resistente a etambutol y otra a pirazinamida, pero no detectó una resistencia a estreptomicina. Los resultados obtenidos mediante MIRU-VNTR son buenos respecto a los obtenidos mediante la secuenciación de genoma completo. No obstante, la secuenciación presenta ventajas adicionales tanto a nivel epidemiológico y de filogenia, como en cuanto a la predicción de la sensibilidad genotípica frente a los antituberculosos, tanto de primera como de segunda línea.