Phylogenomics and the evolution of proteobacteria

Resumen

Las fuerzas evolutivas que actúan sobre los genomas bacterianos pueden Ilegar a ser muy diferentes con respecto a las de los genomas eucariotas. Por ejemplo, en los genomas bacterianos cobra gran importancia la transferencia de genes horizontalmente así como la gran variación en los tamaños genómicos que presentan incluso cepas de una misma especie. Esta tesis ha aprovechado la gran cantidad de genomas bacterianos secuenciados para analizar nuevos métodos de inferencia filogenética que usen la información de todo el genoma (filogenómica). Estos métodos los usamos como base para estudiar dos fenómenos muy importantes en la evolución bacteriana. El de la transferencia génica horizontal y su impacto en la evolución de un grupo concreto de Proteobacteria, las Xanthomoandales. Y el de las fuerzas evolutivas que actúan en los últimos estadios de reducción genómica de los endosimbiontes bacterianos de la clase Gamma-Proteobacteria. Desde el punto de vista filogenómico demostramos que diferentes métodos y diferentes conjuntos de datos permiten contestar diferentes preguntas evolutivas. Esto nos permitió demostrar que los endosimbiontes de Gamma-Proteobacteria forman un clado monofilético en su mayoría. Además, usamos estas técnicas para demostrar que el contenido génico de los genomas de Xanthomoandales esta tan influenciado por múltiples eventos de transferencia horizontal que es imposible determinar el origen filogenético del grupo. Finalmente, demostramos la acción de la selección positiva en las últimas etapas de la reducción genómica de endosimbiontes sustituyendo a la selección purificadora presente en etapas mas tempranas a de menos reducción. En resumen, demostramos que con la disponibilidad de genomas completos queda evidente la gran diversidad bacterianaque se refleja en la historia evolutiva independiente que tienen muchos de sus genes, así como en la capacidad deadpatarse a hospedadores a través de múltiples g