Taxonomía molecular del clado central del género vibrio y otras vibrionaceae

Resumen

Se ha evaluado la utilidad de diferentes técnicas de tipificación molecular así como el Multilocus Sequence Analysis (MLSA), para la clasificación de las especies del clado central del género Vibrio. Se han estudiado 85 aislados, identificados fenotípicamente como Vibrio harveyi, junto con las cepas tipo y de referencia de las 6 especies del clado central. Entre las técnicas de tipificación molecular se han analizado Rep PCR (GTG)5, RAPD M13, RAPD T7, ISR 16S-23S, así como la combinación de las tres primeras técnicas (gel combinado). Posteriormente, se ha corroborado la identidad de cepas representativas de los diferentes grupos formados con la técnica gel combinado mediante el MLSA utilizando los genes 16S rRNA, recA, pyrH, gyrB, rpoD, rctB y toxR, tanto de manera individual como concatenando sus secuencias. Finalmente, para confirmar la identidad correcta de los aislados se ha aplicado la hibridación DNA-DNA en una serie de cepas representativas de los diferentes clados obtenidos en el estudio de MLSA, evaluando su correlación respecto a los resultados del MLSA y elgel combinado. El análisis de los 7 genes concatenados ha mostrado ser una herramienta óptima para la clasificación y análisis filogenético de los vibrios del clado central. Las secuencias génicas individuales de rpoD, rctB y toxR han mostrado un resultado satisfactorio, a diferencia de los genes 16S rRNA, recA, pyrH y gyrB. La concatenación de los tres genes más resolutivos (rpoD, rctB y toxR) ha permitido una perfecta definición de las seis especies, lo que permite minimizar el número de genes a secuenciar con fines identificativos. Teniendo en cuenta los resultados obtenidos con la técnica hibridación DNA-DNA y MLSA, se ha concluido que ninguna técnica de tipificación molecular por separado ha permitido la correcta clasificación y diferenciación de las seis especies, mientras que la combinación de técnicas, si bien mejora los resultados individuales, no diferencia entre V. campbellii y V. rotiferianus. Además los resultados han mostrado que parte de las cepas identificadas fenotípicamente como V. harveyi han resultado ser V. rotiferianus. Empleando la técnica de MLSA, integrada en un estudio polifásico, se ha esclarecido la posición taxonómica de un conjunto de once Enterovibrio sp., así como de Vibrio calviensis DSM 14347T. Los resultados han mostrado que (i) tres de las cepas en estudio constituyen una nueva especie del género Enterovibrio, para la que se propone el nombre de E. nigricans sp. nov. (CECT 7320T); (ii) las restantes cepas son E. coralii (primer aislamiento de esta especie a partir de peces); (iii) V. calviensis DSM 14347T debe ser reclasificada como una especie del género Enterovibrio, E. calviensis comb. nov.; y (iv) es necesario enmendar la descripción del género Enterovibrio.