Gepolun método para el cálculo de superficies moleculares

Abstract

EL CONCEPTO DE SUPERFICIE DE UNA MOLECULA SE HA UTILIZADO AMPLIAMENTE EN DIVERSOS CAMPOS DE LA QUIMICA. DESDE UN PUNTO DE VISTA HISTORICO SE PUEDEN CITAR DOS EJEMPLOS QUE HAN POTENCIADO SU USO. EL PRIMERO CORRESPONDE A LA CORRELACION QUE ENCONTRO LANGMUIR ENTRE EL AREA DE LAS MOLECULAS Y SU SOLUBILIDAD Y SEGUNDO CUANDO L. PAULING POSTULO QUE LAS INTERACCIONES ENTRE LAS BIOMOLECULAS VENIA MODULADA EN UN PRIMER TERMINO POR LA FORMA Y TAMAÑO DE ESTAS.SIN EMBARGO HASTA HACE POCOS AÑOS NO EXISTIAN METODOS QUE CALCULASEN ESTA SUPERFICIE. EN ESTA TESIS HEMOS DESARROLLADO UN METODO LLAMADO GEPOL QUE DETERMINA LA SUPERFICIE ENVOLVENTE DE UNA MOLECULA DANDO COMO RESULTADO EL AREA EL VOLUMEN Y UNA DISTRIBUCION DE PUNTOS SOBRE LA SUPERFICIE QUE NOS PERMITEN CONOCER LA FORMA DE ESTA. ESTE METODO ES APLICABLE A CUALQUIER MOLECULA Y PERMITE CONOCER LA SUPERFICIE MOLECULAR DE VAN DER WAALS LA SUPERFICIE MOLECULAR ACCESIBLE Y LA SUPERFICIE MOLECULAR. LOS DATOS NECESARIOS PARA EL PROGRAMA SON FUNDAMENTALMENTE LAS COORDENADAS CARTESIANAS DE LA MOLECULA Y LOS RADIOS DE VAN DER WAALS. LA COMPARACION DE LOS VALORES OBTENIDOS CON GEPOL CON EL DE OTROS METODOS MUESTRA CLARAMENTE SU SUPERIORIDAD. LAS MOLECULAS ESTUDIADAS EN ESTA TESIS HAN SIDO DE MUY DIVERSOS TIPOS TENIENDO UN NUMERO DE ATOMOS QUE OSCILA ENTRE 2 Y 17000. SE HAN REALIZADO ESTUDIOS SOBRE PROTEINAS VOLUMENES MOLARES FRACTALIDAD ESTUDIO TERMODINAMICO DE POLIMEROS ETC. UNA DE LAS POSIBILIDADES DE ESTE METODO ES SU UTILIZACION COMO UN INSTRUMENTO PARA LA CONSTRUCCION DE MODELOS DE TODO TIPO. ASI NOSOTROS LO HEMOS INTRODUCIDO EN EL MODELO DE MIERTUS Y COL PARA EL CALCULO DE LA ENERGIADE INTERACCION ELECTROSTATICA EN DISOLUCION OBTENIENDO MUY BUENOS RESULTADOS.