Aplicación de nuevas tecnologías para la detección de reordenamientos genómicos en pacientes con retraso del neurodesarrollo y anomalías congénitas

Resumen

El retraso del neurodesarrollo o discapacidad intelectual (DI) es una de las causas de minusvalías más frecuente en niños, afecta a cuatro de cada mil nacidos vivos en su forma más grave, aunque el retraso leve podría afectar a 1-3% de la población. La mayoría de los casos de DI son de origen desconocido. Las variantes de número de copias (CNVs) son una causa importante de discapacidad intelectual sindrómica. A lo largo de estos años se han desarrollado diferentes herramientas para el estudio genético de la discapacidad intelectual sindrómica, tales como la FISH (hibridación in situ fluorescente), el MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) o la CGH-array (Hibridación genómica comparada sobre arrays). La hipótesis es que los reordenamientos genómicos son una causa importante de retraso del neurodesarrollo y anomalías congénitas. La aplicación de diferentes tecnologías nos va a permitir evaluar qué método es el más adecuado para su detección y aplicación en la práctica clínica. El objetivo general de este trabajo es evaluar la aplicabilidad de las diferentes tecnologías (FISH, MLPA y CGH-array) para la detección de reordenamientos genómicos desequilibrados en pacientes con retraso psicomotor y anomalías congénitas. Se ha estudiado una serie de 202 pacientes con retraso del neurodesarrollo asociado a anomalías congénitas, antecedentes familiares de DI y/o abortos de repetición, mediante FISH y MLPA de regiones subteloméricas y dos tipos de arrays genómicos (basado en BACs y en oligonucleótidos). Uno de los grandes retos de este trabajo ha sido la interpretación de la repercusión clínica de las CNVs detectadas. Inicialmente se utilizaron diferentes criterios, clasificando las CNVs en patológicas si habían surgido de novo o presentaban un tamaño mayor de 1Mb y polimórficas si habían sido heredadas de un progenitor sano o se habían descrito en población general. A lo largo de este trabajo, se ha puesto de manifiesto que no existen criterios únicos con validez universal para establecer el carácter patológico o polimórfico de las CNVs, hoy por hoy, la interpretación es muy dinámica, y está sujeta al conocimiento disponible en cada momento. La frecuencia de reordenamientos considerados patológicos detectados mediante FISH y MLPA ha sido similar, aproximadamente del 10%, siendo la técnica del MLPA la más indicada de las dos para el rastreo de reordenamientos subteloméricos, por ser más económica y menos laboriosa. Mediante la CGH-array se han detectado un mayor número de CNVs patológicas, un 12% mediante el array basado en BACs y un 25% mediante el array basado en oligonucleótidos. Por otra parte, el array de oligonucleótidos presenta una mayor especificidad, sensibilidad y posibilidad de automatización. Con estos resultados concluimos que la CGH-array basada en oligonucleótidos es la técnica más apropiada para la detección de reordenamientos genómicos desequilibrados en todo el genoma. El número de CNVs patológicas detectadas presentan una buena correlación con el tamaño del cromosoma, sugiriendo una distribución uniforme, salvo en los cromosomas X, 16 y 22 que presentan una mayor tasa de alteraciones en relación a su tamaño. Finalmente, para poder ofrecer un asesoramiento genético adecuado a las familias tras la detección de CNVs patológicas, es conveniente realizar estudios complementarios mediante la técnica del FISH para detectar reordenamientos genómicos equilibrados y translocaciones intersticiales en los progenitores.