Estudio del gen IKZF1 y de microdeleciones intragénicas en la leucemia linfoblástica aguda

Resumen

La leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) es una neoplasia caracterizada por una gran diversidad de alteraciones genéticas. En los últimos años, se ha descrito la ocurrencia de pequeñas deleciones focales en genes de relevancia para la célula linfoide. En concreto, las que afectan a IKZF1 parecen tener valor pronóstico en la edad pediátrica. OBJETIVOS: Estudiar la presencia de microdeleciones en los genes CDKN2A, CDKN2B, PAX5, ETV6, EBF1, BTG1, RB1, la región pseudoautosómica del cromosoma X/Y (PAR1) en una serie de pacientes con LLA. Además, estudiar la presencia de mutaciones, microdeleciones y alteración del patrón de expresión de isoformas del gen IKZF1 en estos pacientes. MÉTODOS: Se reunió una serie de 342 pacientes (164 niños y 178 adultos) de 0 a 85 años. El 85% mostró fenotipo B y el resto T. El estudio de microdeleciones se realizó mediante MLPA (MRC Holland) con el kit P0335 que incluyó sondas para todos los genes de interés. El estudio de mutaciones se realizó en todos los exones codificantes del gen IKZF1 mediante técnica de cribado por High Resolution Melting y posterior confirmación con secuenciación tipo Sanger. El estudio del patrón de isoformas se realizó mediante RT-PCR y lectura en gel de agarosa. RESULTADOS: Hallamos alteraciones del gen IKZF1 en el 26% de los pacientes. Sólo se hallaron en la LLA de estirpe B, su frecuencia aumentó progresivamente con la edad y ocurrieron con mayor frecuencia en la LLA-Ph positiva (71%) que en el resto (20%). Casi la totalidad (97%) de las alteraciones de IKZF1 fueron microdeleciones intragénicas, siendo mutaciones las restantes alteraciones encontradas. La microdeleción más frecuente fue la que afectó a los exones del 4 al 7, resultando en la expresión de la isoforma patológica Ik6. En el resto de casos con microdeleciones observamos ausencia completa de expresión o un patrón normal de isoformas. Las microdeleciones intragénicas se hallaron con igual frecuencia en la LLA-B (63%) y la LLA-T (62%), tanto pediátricas (62%) como de adulto (63%). Los genes más frecuentemente involucrados fueron CDKN2A (30%), CDKN2B (28%), PAX5 (18%) y ETV6 (10%), que se hallan de manera concomitante en muchos de los casos. Las deleciones de CDKN2A y CDKN2B fueron más frecuentes en las LLA-T, mientras que en las de BTG1 y EBF1 ocurrieron exclusivamente en las LLA-B. En los pacientes pediátricos, la estratificación de riesgo citogenético fue el factor que más influyó en la supervivencia y en la probabilidad de recaída. En los pacientes adultos, las microdeleciones de CDKN2A/B y las de ETV6 mostraron tener valor pronóstico independiente para la supervivencia global, mientras que para la probabilidad de recaída lo han sido las deleciones de ETV6 y la concurrencia de ? 4 deleciones. Las alteraciones de IKZF1 se han asociado a un pronóstico adverso, si bien los tratamientos aplicados adaptados al riesgo de recaída pueden haber condicionado la ausencia de significación estadística en el análisis multivariante. CONCLUSIONES: Las alteraciones de IKZF1 y las microdeleciones intragénicas son eventos frecuentes en la LLA. Algunas de ellas han demostrado tener valor pronóstico en nuestra serie.